Fue fundado en el año 1.946 y en el año siguiente ya se ascendió a 3ª División Nacional, y durante esta primera etapa de existencia, los mayores logros fueron el Campeonato de Aragón de Aficionados y un Sub-campeonato Nacional de la misma categoría.

El club desapareció por diversos motivos, entre ellos el económico en el año 1.956.

Volvió a aparecer con fuerza en el año de 1.980 en 2ª Categoría Regional, ascendiendo de año en año hasta llegar a Tercera división Nacional.

En la temporada de 1.989-90 desciende de categoría de Regional Preferente, ascendiendo en la siguiente temporada de 1.990-91 de nuevo a 3ª División nacional sin haber perdido un solo partido.

En la temporada de 1.991-92 el HERNAN CORTES C.F. logró el mejor resultado de toda su historia, ya que al ser 4º en Tercera División Nacional, se jugó la liguilla de ascenso a la categoría de 2ª B Nacional y esta actuación promovió el jugar en la temporada siguiente de 1.992-93 la Copa de su Majestad El Rey, pasando dos difíciles eliminatorias y renunciando a la tercera eliminatoria por no poder desplazarse a jugar contra la U.D. LAS PALMAS.

En la temporada 1.992-93 se firmó con el C. D. JUNQUERA PARK un acuerdo de colaboración y de filialidad que hoy en día sigue vigente.

En la temporada de 1.996-97 el HERNAN CORTES C.F. desciende a la Categoría de Regional Preferente, motivo principalmente de ello el económico.

En la temporada de 1997-98 el HERNAN CORTES C.F. defiende sus colores en la Categoría de 1ª Regional y en la temporada 1.998-99 en 2ª Regional, logrando ascender a 1ª Regional como Campeón de la Categoría.

Al final de la temporada 1.998-99 se lleva a cabo la fusión de los clubes de Fútbol del HERNAN CORTES C. F. y C.D. JUNQUERA PARK, formando un solo Club más grande, con la ilusión de darle el nombre y categoría que el HERNAN CORTES poseía en otros tiempos.

En la temporada 1.999-2.000, el C.F. HERNAN CORTES JUNQUERA participa en los campeonatos que organiza la Real Federación Española de Futbol y la Federación Aragonesa de Futbol, con diez equipos de Futbol, logrando estar en una muy buena clasificación, en prácticamente en todas las categorías en las que participa.

En la temporada 2000-01, el C.F. HERNAN CORTES JUNQUERA amplía su participación en la competición con un nuevo equipo de Benjamines F-7, con lo que son ONCE los equipos que componen el club. Se organiza para ello el IV CLINIC DE FUTBOL BASE en el cual participaron más de SESENTA jugadores y fue dirigido por nuestro cuadro de entrenadores.

En la temporada 2.000-01, el club logra TRES IMPORTANTES ASCENSOS DE CATEGORIA que ayudan todavía más a potenciar el club interna y externamente.

Se logra el ascenso de Juvenil Preferente a Liga Nacional Juvenil, el ascenso de otro de los equipos a Segunda Regional, y en categorías base el ascenso a Primera Benjamín, división más alta de la categoría benjamín.

En la temporada 2001-02, el C.F.HERNAN CORTES JUNQUERA inicia una nueva fase en su evolución al encargar un proyecto deportivo encaminado a introducir elementos actuales estructurales en la composición de la entidad deportiva cuyo objetivo fundamental sea la progresión del club.

En los años siguientes este club se está consolidando en todas sus categorías y en la actual campaña 2009- 2010 ya tenemos casi todos los equipos en las máximas categorías de base - como son un primera cadete - un división de honor infantil y un primera benjamín, así como el inicio de una nueva temporada para la competición de un equipo PREBENJAMIN donde todos los componentes del mismo pertenecen a la ESCUELA DE FUTBOL BASE.

Gran temporada la 2009-2010, en el que conseguimos dos ascensos de categoría, ascendimos a división de honor cadete, y a 1º juvenil, que este último además se quedó campeón de liga, también se quedó campeón el benjamín de primer año, que junto al alevín A fueron finalistas de la Copa, perdiendo lamentablemente cada uno su final. Conseguimos mantener todas las demás categorías.

La temporada 2010 2011 - no ha sido todo lo que el club hubiera soñado pero se consiguió un éxito sin precedentes en la historia del C.F.HERNAN CORTES ya que después de más de 15 años el primer equipo consiguió el objetivo de ascender a REGIONAL PREFERENTE asimismo el primera benjamín también jugara en preferente y los otros equipos aun a pesar de los descensos han hecho una muy buena labor de club - que los éxitos nos acompañen en próximas temporadas y animo a todos jugadores técnicos y masa social a mantener este club donde se merece.

La temporada 2011-2012 seguimos manteniendo la estructura de los mismos equipos mejorando en muchos casos las clasificaciones y en nuestro fuero interno sería el de poder conseguir las máximas en todos ellos pero en muchísimos casos no lo podemos lograr al haber una baja de los jugadores que destacan hacia otros clubs que si que las mantienen pero luchamos con este hándicap y aun así lo estamos logrando con muchísimo sacrificio.

La temporada 2012-2013 fue muy similar a la de los años anteriores si bien se logró el ascenso del cadete a la categoría de DIVISION DE HONOR y nos quedamos a las puertas de haber podido conseguir los ascensos de los infantiles - pero nos faltó un solo punto para poder logarlo - esperamos a la próxima - también tuvimos la mala suerte del descenso del regional a la categoría de primera - a ver como volvemos a conseguir todo ello en la próxima temporada. Así mismo desde las temporadas de 2000 y siguientes hemos venido colaborando con la Junta de distrito universidad realizando clínics de iniciación y formación así como de eventos deportivos organizados por el distrito.